فرآیند ارزیابی شرکتهای متقاضی شامل مراحل زیر است:
1- دبیرخانه کارگروه پس از بررسی اولیه اسناد و مدارک شرکت، آن را به کارگزار جهت ارزیابی ارجاع میدهد.
2- کارگزار پس از ارزیابی شرکت متقاضی، اطلاعات خود را در سامانه مربوط به دبیرخانه کارگروه بارگذاری می نماید.
3- دبیرخانه پس از بررسی فرآیند ارزیابی و صحت اطلاعات و همچنین تطبیق با آیین نامه نتیجه را به کارگروه ارزیابی و تشخیص صلاحیت شرکتها و موسسات دانش بنیان ارائه مینماید.
4- پس از بررسی پرونده شرکت در کارگروه، نتیجه ارزیابی به دبیرخانه اعلام میگردد.
5- و نهایتا نتیجه بررسی دانش بنیان بودن شرکت متقاضی، در کارتابل شرکت قسمت منعکس میگردد.